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抗菌肽(antimicrobial peptide,AMP)作为新兴的饲料添加剂,在反刍动物中的应用鲜有报道,本实验应用高通量测序技术研究复合抗菌肽对山羊(Capra hircus)瘤胃纤毛虫(Ciliata)种群结构的影响。选取12只雄性4月龄川中黑山羊,随机分成4组,每组各3头。正常精料组(A),正常精料抗菌肽组(C),双倍精料组(D),双倍精料抗菌肽组(E)分别饲喂精料300、300、600和600 g/d,C和E组在精料中添加3 g/kg复合抗菌肽,正常饲喂20 d后采集瘤胃液样品,提取样品总DNA后,扩增真核生物18S rRNA V4区,扩增产物使用Illumina MiSeq平台测序。结果表明,1)共获得高质量序列471 580条,聚类后共得到1 398个运算分类单位(OTU)。2)所得OTU经物种注释99.17%被归类为真核生物界,门水平上,A组和C组相对丰度最高的为纤毛门(Ciliophora)(A:46.0%;C:48.2%),其次为分类位置未知(incertae sedis)(A:35.5%;C:42.83%),D组与E组相对丰度最高的为分类位置未知(D:49.93%;E:60.27%),其次为纤毛门(D:45.33%;E:35.23%);组间无显著差异。3)属水平分类上,共发现9个纤毛虫种属,A组与D组相对丰度最高的纤毛虫种属为多加多泡双毛属;另外,C组头毛属占总纤毛虫比例显著高于A组(P<0.05),E组头毛属与D组无显著差异(P>0.05),C组内毛属显著低于A组(P<0.05),而E组内毛属与D组无显著差异(P>0.05),E组多甲多泡双毛属显著高于C组(P<0.05),而头毛属显著低于C组(P<0.05)。5)各组在alpha多样性赵氏Chao、艾斯ACE、香浓Shannon和辛普森Simpson指数上差异不显著(P>0.05)。本实验结果表明,幼龄川中黑山羊瘤胃纤毛虫相对丰度最高的种属为多加多泡双毛属;复合抗菌肽可提高头毛属含量,降低内毛属含量,且在正常精料中较为显著。精料饲喂量从300 g/d改变为600 g/d时纤毛虫种群结构无显著变化;另外,瘤胃内真核生物多样性不受本实验下复合抗菌肽及精料量的影响。本研究结果为复合抗菌肽应用于反刍动物生产中提供理论依据。