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通过分析航管应答信号样式及特点，提出了基于经验模式分解（EMD）时频重构特征的航管应答器个体识别算法。首先通过EMD将多分量信号分解为有限个固有模式函数（IMF）分量，继而利用IMF来重构辐射源信号的时频分布，最终获得稳定的时频图分解特征。利用实测航管应答信号的验证实验表明，该方法可以有效提取航管应答信号的细微特征，最终的识别性能显著优于使用脉冲包络特征或者功率谱特征的识别算法。