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目的：采用荧光PCR法对手足口病患儿进行病原学检测,分析手足口病病毒分型。方法：采集1 166例临床确诊手足口病患儿的肛拭子及咽拭子,采用荧光核酸检测试剂盒进行肠道病毒筛选,对两种常见肠道病毒进行归纳比较。结果：1 166例患者中以埃可病毒属感染为主,EV71明显多于Cox A16,P〈0.005;在Cox A16阳性病例中多有埃可病毒协同感染。结论：注重埃可病毒感染手足口病患者的防治工作,EV71感染的患者须注意重症患者的出现。