目前，我县农村信用社内控机制不够健全，在经营中存在很大的风险，违规案件时有发生，内控体系存在的主要问题表现在：一是信用社产权主体缺位，缺乏内控动力。信用社产权主体名义上是入股社员而实质上社员代表大会的权利虚置，削弱了入股社员对信用社经营和风险管理监督的积极性和原动力。二是法人治理结构不健全。信用社从管理构架上设置了“三会一层”（社员代表大会、董事会、监事会和管理经营层），但实质上“三会一层”的权、责、利界限不清，制度没有落到实处，缺乏对内控的监督制约。三是风险评估范围过于局限。农信社近年来对授信业务逐步建立了风险评估体系，而对柜台业务、资金交易业务、代理业务的风险评估基本上还是空白，严重制约信用社的业务发展和市场竞争，同时带来了风险隐患。四是电子信息系统建设不足，发展滞后。五是部门之间、岗位之间缺少必要的制约和监督。农信社各个部门、各个岗位各自为政，相互之间缺乏以业务为纽带的协调、制约和监督。
　　一、内控体系建设要完善治理结构
　　（一）要完善治理结构
　　农信社要取得改革成功，完善法人治理结构是关键。一要建立健全社员代表大会、理事会、监事会机构。二要不断提升高管人员的综合素质，提高农信社法人治理结构的运行质量。三要按照现代企业制度的要求，明确职责分工，形成决策、执行、监督相互制衡的法人治理结构。
　　（二）要明确产权归属
　　明晰的产权是农信社健康经营和风险管理的基础。一要在现有制度基础上，充分发挥社员代表大会的作用。二要解放思想、拓宽眼界。三要加快改革的步伐，根据农信社所在区域和经济发展状况，结合农信社自身资产质量、经营状况的差异性，加快农信社股份制改革。
　　二、健全操作风险识别与评估体系
　　（一）建立科学、合理、准确的操作风险识别与评估体系
　　一是要扩大农信社风险识别与评估范围，建立健全风险识别与评估方法。二是要借鉴国有和股份制银行成熟的风险评估方法，提高风险敏感度和风险识别控制能力。
　　（二）建立严密的操作风险与内控评估工作流程
　　一是以业务审批流程为纽带，根据各部门、各岗位权限的划分对具体业务进行风险评估与检测，在审批程序中建立起严密的风险与内控评估流程。二是以业务操作流程为纽带，结合各岗位不同操作人员不相容岗位之间的相互协调、相互监督、相互制约，不断地进行流程优化和流程再造，以适应业务发展和防范操作风险的需要。
　　三、进一步完善内控制度
　　（一）强化责任追究制度
　　一是要进一步完善责任追究制度。二是要坚持违规必惩、惩处必严的原则。三是对涉案金额较大、影响恶劣、后果严重的违规行为上追两级领导责任，大力营造依法合规经营的工作氛围和合规文化。
　　（二）强化规章制度建设和执行
　　各类业务制度与流程合理性、科学性、可操作性进行评估，发现问题及时修改、完善，通过岗位职责的明确、充分有效的激励考核机制的约束和制衡，有效控制风险的目的。
　　四、改进信息交流与反馈体系
　　完善业务信息系统的重点是，信息系统要覆盖农信社的所有业务操作，所有业务都应该在系统中有可复核性和可追溯性，并为审计或监督留有接口；加强信息系统的数据信息收集与数据分析功能，一方面对风险进行提前预警，另一方面為决策控制风险提供帮助。
　　五、完善内部稽核监督体系
　　（一）建立内审组织结构
　　由原来的以事后、静态的监督为主，逐步向事前控制、事中监督的动态审计转变。
　　（二）扩大稽核审计覆盖面
　　改变现有稽核审计对象范围较为狭窄的现状，扩大稽核审计对象。
　　（三）创新稽核审计的方式和手段
　　通过对农信社管理行为、资产风险的分析和评价，全面掌握被审计主体的风险状况，并找出高风险的领域。确定审计重点和审计频率，以便集中力量对高风险领域进行有效的风险控制和管理，提高审计质量。