研究同时利用非编码区和编码区微卫星标记(G-SSR和EST-SSR)分析黑龙江、长江、奉化江及淮河水系共6个野生鲫(Carassius auratus)群体的遗传多样性及遗传结构,并比较2类不同来源SSR用于鲫群体遗传多样性分析的差异。8个G-SSR标记在6个鲫群体中检测到173个等位基因,平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为22、12.9、0.769、0.893和0.879,群体间Fst值介于0.008—0.085,其中来自黑龙江水系的2个群体与其余水系的所有群体均达到或接近于中等程度的遗传分化,而长江、奉化江和淮河水系4个群体间的遗传分化程度不明显。Nei’s遗传距离介于0.203—0.701;根据遗传距离所绘制的UPGMA聚类图将6个鲫群体划分为2个大分支,其中来自黑龙江水系的2个群体聚为一枝,其余水系群体聚为另一枝。贝叶斯分析也支持这一结果,将6个鲫群体划分为2个最佳理论群。利用8个EST-SSR标记在6个鲫群体中共检测到155个等位基因,平均Na、Ne、Ho、He以及PIC分别为19、9.5、0.728、0.870和0.855;群体间Fst值和Nei’s遗传距离分别介于0.005—0.084和0.117—0.683;基于EST-SSR标记的UPGMA聚类分析和贝叶斯分析也将6个鲫群体划为两大类群:黑龙江水系群体;长江、奉化江和淮河水系群体。G-SSR和EST-SSR标记检测6个鲫群体的平均多态信息含量(PIC)分别为0.786—0.864和0.761—0.833。研究结果显示:6个野生鲫群体均具有较高的遗传多样性,但黑龙江水系群体多样性低于其他水系群体;尽管EST-SSR标记的多态性略小于G-SSR标记,但是2类微卫星标记均揭示了相似的鲫群体遗传结构和分化格局。研究结果对鲫种质资源的保护和EST-SSR标记在鱼类群体遗传学研究价值的评价提供了新的信息。