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对虾循环水养殖因污染排放少、经济效益高而正在逐步取代土塘养殖,成为高效养殖模式发展的方向,了解养殖系统的细菌群落结构特征对于病害控制和养殖工艺改进具有重要意义。采用细菌16S rRNA基因扩增子焦磷酸测序,比较了循环养殖水体、生物膜与土塘养殖水环境中的细菌群落结构差异。结果表明,循环养殖水体、生物膜与土塘水体的细菌群落结构差异明显,且循环养殖水体中细菌多样性最高。蓝细菌门(Cyanobacteria)和放线菌门(Actinobacteria)在土塘水体所占比例较高;循环养殖系统中α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)在水体中占优势,而β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)为生物膜中的优势种群。相似度分析表明,有11个分类操作单元(Operational taxonomic units,OTUs)对细菌群落差异贡献较大,累积贡献率达35.14%。这些OTUs的分类归属:腐螺旋菌科(Saprospiraceae)、红杆菌科(Rhodobacteraceae)和放线菌目的 ACK-M1科各2个,聚球藻科(Synechococcaceae)、暖绳菌科(Caldilineaceae)各1个,另有3个分属于β-变形菌纲、黄杆菌纲(Flavobacteria)和鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)中的未知科。此外,与氮循环密切相关的亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)和硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)是生物膜中的主要类群。研究初步揭示了对虾循环系统优于土塘养殖的微生物生态基础。