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SARS冠状病毒是一种新的冠状病毒，已经被确定为引起SARS即非典型肺炎的病原体．本文提出了一种基于密码子使用模式的冠状病毒亲缘关系研究方法．即是选择冠状病毒基因组中RdRp基因的密码子使用率代表该病毒，来计算物种之间的进化距离，并以此构建了冠状病毒亲缘树．而在单独分析SARS冠状病毒和类SARS冠状病毒的亲缘关系时，我们用这些病毒基因组全部基因序列的密码子使用率代表该物种，来计算它们之间的进化距离，构建了只包含源自于不同时期不同病原体的SARS冠状病毒和类SARS冠状病毒的亲缘树．以上两项工作基本上反映