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为探究苦参碱灌胃和腹腔注射不同给药途径对肠道菌群的影响,将昆明小鼠随机分为4组,分别为生理盐水腹腔注射组(NCip)、生理盐水灌胃组(NCig)、苦参碱腹腔注射组(MTip)及苦参碱灌胃组(MTig),连续给药5 d后,收集各组粪便,进行小鼠肠道微生物α多样性指数分析和β多样性分析,利用LEfSe和Metastats分析不同组间肠道菌群的差异.结果表明:灌胃和腹腔注射苦参碱的不同给药方式对小鼠肠道菌群的α多样性指数及β多样性的影响差异不显著(P＞0.05);LEfSe分析发现,与灌胃苦参碱相比,腹腔注射苦参碱组的小鼠肠道有益菌拟杆菌目(Bacteroidales)、调节机体代谢的另枝菌属(Alistipes)丰度显著增加(P＜0.05);Metastats分析发现,与灌胃苦参碱相比,苦参碱腹腔注射组的小鼠肠道与结肠炎相关的脱硫弧菌属(Desulfovibrio)、[Eubacterium]_fissicatena_group丰度显著降低(P＜0.05).综上,不同给药途径会引起肠道菌群的差异,相比于灌胃给予苦参碱,通过腹腔注射给予苦参碱更有利于优化肠道菌群的结构及功能.