目的了解湖南省2015-2016年引起手足口病的CV-A6型肠道病毒病原学特征,为手足口病科学防控提供依据。方法对2015-2016年湖南省手足口病哨点医院和地市级疾控中心上送的其他肠道病毒阳性标本进行CV-A6核酸检测,选择有代表性的标本进行CV-A6 VP1区全长序列扩增和测序。运用Seqman和MEGA 5.2软件对获取序列与从Gen Bank下载的CV-A6 VP1区全长序列进行遗传进化分析。结果共对281份非EV-A71和非CV-A16肠道病毒阳性标本进行了CV-A6核酸检测,142份标本检测结果为CV-A6阳性,阳性率为50.53%,对不同地区和不同年份的有代表性的69份标本进行VP1区全长序列测定,60份测序成功,病毒型别均为CV-A6的D1亚型。结论湖南省存在引起手足口病的非EV-A71和非CV-A16的CV-A6肠道病毒感染,其基因型别为D1亚型,与我国其他地区流行的病毒亚型基本一致。