质疑是科学的第一要素，它使科学有别于宗教和哲学。不质疑，就不成其为科学。
　　历史地看，科学发展的源头要追溯到古希腊时代，当时的人类对周围环境的认识还十分有限，并不需要分清楚所谓“科学、宗教、哲学”三者之间的明显界限。但因为哲学概念之艰涩不实用以及科学领域观测证据之不足，当时的三者中宗教的势力最为强大。正如19世纪著名英国哲学家伯特兰·罗素所评述的：科学诉之于理性，神学诉之于权威，哲学则介于两者之间。罗素对哲学评价的意思是说：哲学如科学般强调理性，但又如神学那样反映了人类对不确切事物的思考。

神学与科学的碰撞

　　宗教，比如基督教，将上帝和《圣经》作为最高权威，它不允许质疑，只能无条件接受。这与科学研究的方法是不相容的。当今社会的宗教和科学还算可以和平共处互不干涉，但在几千年的历史长河中，两者时不时地总要互相碰撞产生冲突，因为宗教总是企图扮演自然的解释者的角色，而它的解释不是依靠质疑和实验探索而得到，而是从上到下靠权威来维系。
　　正因为在科学发展的早期三者界限不清楚，许多科学家同时也是哲学家和虔诚的教徒，他们除了孜孜不倦地进行科学探索之外，在思想和精神方面则往往游走徘徊于三者之间。这方面不乏先例，最为典型的是几位天文学家或物理学家：哥白尼、布鲁诺、伽利略、开普勒等。
　　哥白尼的日心说将宇宙的中心从地球移到了太阳，虽然如今看来，太阳也并非宇宙之中心，宇宙无中心，但这点小小的移动却动摇了当时宗教神学的理论基础。哥白尼深知其严重性，只能在病床上才发表了他的著作。之后，一位极富质疑反叛精神的意大利人布鲁诺，将哥白尼的学说进一步推展，出版了与《圣经》解读严重冲突的“无限宇宙论”，因而在1600年被判火刑，在罗马被当众烧死。尽管历史学家们对布鲁诺被判火刑的真实原因仍然有所争论，但此案例仍被认为是一个科学质疑与宗教权威冲突的标志性历史事件。
　　发现行星运动三大定律的开普勒，则是一位非常虔诚的基督徒。虽然他在信仰上也曾经遭受逼迫，造成生活中的许多困境，但他始终对上帝坚信不疑，将宗教的论点写进他的科学作品中，企图以致力于科学活动来支持和诠释他的神学信仰。伽利略虽然也是教徒，但有意思的是，他继承了他父亲对权威的怀疑态度，可以说从骨子里就是一个质疑派。从小就喜欢打破沙锅问到底的伽利略，25岁便被比萨大学聘为教授，他推崇实验观测和数学推理，在运动学和天文学方面杰出的贡献，促使了现代物理学的诞生，也进一步推动了科学从哲学与宗教中分离出来，这是人类思想的一大进步。由于伽利略对哥白尼学说的宣扬，于1632年被教会拘捕，之后被判处终生软禁。

笛卡尔的质疑

　　时间流逝、大浪淘沙，科学无论如何是需要质疑的，否则就不可能有科学的进步。高举质疑大旗的代表人物是比刚才几位科学家稍后的法国著名哲学家勒内·笛卡尔。
　　笛卡尔的家乡都兰，是一个美丽的花园小城，绿树成荫，瓜果飘香。笛卡尔的父亲是当地议员，算贵族阶层，母亲在他一岁多时因肺结核去世，并将这个当时被列为不治之症的疾病传染给了他。
　　体弱多病的笛卡尔活得也不长，他的死还颇具传奇性。笛卡尔喜好独自读书与沉思，追求“安宁和平静”的隐居生活。哲学家当然都爱思考，据说苏格拉底喜欢在雪地里沉思，而笛卡尔的大脑却只在身体暖和时才能正常运转。因此，笛卡尔平生的习惯是喜欢“睡懒觉”，躲在温暖的被窝里思考数学和哲学问题。据说他的解析几何坐标概念之灵感就是在做了“三个奇怪的梦”之后得来的。可是很不幸，在笛卡尔晚年，被瑞典的克里斯汀女王看中，要笛卡尔给她讲哲学晨课。女王喜欢早起，可怜半老不老的笛卡尔只好违背他多年的作息习惯，每天早上五点爬起来给女王上课，最后终是适应不了北欧严酷多雪的冬天，于1650年得肺炎一命呜呼了！
　　笛卡尔研究数学和物理，发明解析几何，被广泛认为是西方现代哲学的奠基人。他认为一切感官获取的知识都是可以怀疑的，唯有怀疑本身不可怀疑。或者可以解釋为：人的理性思维无可怀疑，是不同于感性经验的唯一确定的存在，由此而留下了一句哲学名言“我思故我在”。
　　笛卡尔最重要的哲学著作有两部，即《第一哲学沉思集》和《方法论》。笛卡尔在前者中提出以怀疑一切作为出发点，而在后者中则努力寻找一种原则上适用于所有科学问题的方法。两本书中，笛卡尔试图提出解决所有问题的基本原则。首先，要避免草率的判断与偏见，决不把任何没有明确地认识其为真的当作真的来接受。其二，把每个难题分成若干细小的部分，逐一解决。其三，循序渐进，由简到繁地解决复杂的问题。最后，审查和列举所有可能性，避免遗漏。
　　笛卡尔本人声称他是虔诚的天主教徒，但他曾被指控宣扬秘密的自然神论和无神论信仰，与其同时代的科学家布莱兹·帕斯卡也指责笛卡尔“总想撇开上帝”。不过，笛卡尔怀疑一切，难道就没有怀疑过上帝的存在吗？应该是有所怀疑的，否则怎么会在其《第一哲学沉思集》中给出大量篇幅来证明上帝的存在呢？笛卡尔证明的思路可简述如下：上帝是完满的;完满性包括存在性，否则就不完满了;因此，完满的上帝一定存在;证毕。笔者不懂这种哲学思辨式的形式证明，难以判定正确与否，但从笛卡尔的整体哲学思想，可以感觉到笛卡尔的上帝已经不是原来神学意义上存在的上帝，而是存在于我们思维中的一个完满的观念，即：是一个理性主义的上帝。
　　笛卡尔的“怀疑论”，从理论上肯定了“质疑”是科学研究中的基本精神。之后，随着科学的迅速发展壮大，神学的地盘逐渐缩小，科学和宗教开始分道扬镳，而哲学呢，仍然徘徊于两者之间，有时候左碰右撞出一点火花，大多数时候与两边都相安无事，成为两者间的桥梁。

我们应该如何质疑？

　　所谓“质疑”，不是全盘否定，但也不是初学者尚未明白就里时想澄清的几点“疑问”。它应该是质疑者经过一定思考后，指出的他认为理论中可能存在的某种错误。因为质疑者开始时仅从他自己的角度出发，自然不一定正确。
　　质疑科学中前人的结果和结论，意思是要以怀疑的眼光看待任何实验事实和理论。搞科学研究要带着一个怀疑的头脑，不可先入为主地相信书本和权威。“科学”并不等于“正确”，而是意味着可以质疑，这正是科学的精髓所在。正如中国著名学者胡适先生告诫我们的“做学问要在不疑处有疑，待人要在有疑处不疑”、 “大胆假设，小心求证”。胡适这两句名言的精辟之处就是鼓励质疑。
　　对任何科研成果都应该允许质疑，并且还应该鼓励质疑，这样才能促使科学家纠正错误，吸取教训，促进科学的进一步发展。但是，要提倡用科学的态度来质疑科学成果。如果自己就是一名科学工作者的话，便应该尽可能以科学规范的方式，即发表研究论文及参加研讨会等来表达观点。质疑某一个科学理论，应该是对事不对人的，千万不能把科学质疑当成搞政治一样拉帮结派。即使对学术问题有相互不同的观点，但仍然可以是朋友，科学之“道”不同，但仍可“相为谋”。