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人力资本是提高农业全要素生产率的重要途径.应用DEA-Malmquist指数方法测算1999-2018年我国各省区的农业全要素生产率,进一步运用工具变量法探究人力资本提高对农业全要素生产率的影响及其异质性.结果表明:人力资本提升可显著促进农业全要素生产率增长,且对山区省份的正向作用更大;劳动力转移有益于农业全要素生产率增加,但因人力资本提高引致的劳动力转移不利于农业全要素生产率增加,并且对山区省份的负面作用更强.为进一步提升农业全要素生产率,一是加强农村地区教育投资,补足职业教育短板,推动教育多元化;二是适当提高农业部门社会福利,促使人才回流;三要建立非农业反哺农业的长效机制,统筹城乡一体化发展.