即使以最严格的道德标准来衡量，蔡元培也堪称“君子”。他是老革命党人，历任教育部长、北京大学校长等高官显职，却丝毫没有官僚架子，他为官廉洁，到老了连个栖身之处都没有，以致七十大寿时，学生们想到的第一件事是如何凑钱为他买一处房子，他不好女色，在那个官员三妻四妾的时代，他却坚守一夫一妻的底线，一生没有任何绯闻……其中他的仁心颇为世人称道。
　　1917年，北京大学有个出身官僚家庭的学生行为不端，引起很多同学反感，有人写了“征伐”他的告示，贴在墙上。正在北大就读的傅斯年也写了个匿名帖参与征伐，引来众人围观，有人还在上面圈点，语言也很出格。蔡元培对此很不满，便提醒学生，若对这位同学不满意，可以对他进行劝诫，而不应用匿名帖这种方式“征伐”他，因为那样并不利于被征伐的同学悔过，发帖的同学也有失情操。
　　維护犯错者的自尊，是蔡元培的坚持，也是他的仁心所在。他处理围攻者的方式也非常理智，没有采用逼写检讨、记过、留校察看等激烈手段，而是以长者的身份，谆谆教诲他们应该干什么、不应该干什么。他的仁心使年轻的傅斯年深受教育，傅斯年后来对朋友这样总结自己的心得：“尊重对手，有理有据。与人辩论，不要达到顶嘴和争吵的地步，纵使你认为自己是正确的，但发表意见总得谦逊一点儿、冷静一点儿。”后来傅斯年担任台大校长，时间虽短，却为台大留下了宝贵的精神财富，想必和早年蔡元培的悉心引导有关。
　　1919年，北京一些报纸都在重要版面刊登了陈独秀在八大胡同因争风吃醋伤害妓女的新闻。一时间，不但旧派人士以此为把柄攻击新文化运动、诋毁北大的教育改革，而且连举荐陈独秀的一些朋友也觉得脸上无光，希望蔡元培立即将陈独秀赶出北京大学。然而，蔡元培没有这样做。他召集文理科教授会议，提议以教务长代替原先的文理科学长，并从11位教授会主任中推举一名教务长，结果马寅初当选，而之前的文科学长陈独秀和理科学长则改聘为教授。同时，陈独秀得到了一年假期。
　　蔡元培其实有无数的理由直接驱逐陈独秀。陈独秀虽然是他礼聘来的，但陈独秀的“失德”明显不符合大学老师的品性要求。何况，陈独秀参加了蔡元培组织的“进德会”，进德会有一条规定就是不得嫖娼。知而违规，其过加倍，若不予惩罚，组织也会失去号召力。而蔡元培能够给陈独秀一个体面的台阶下，充分体现了一个学界大佬内心的仁慈。
　　蔡元培的仁心在于能站在他人的角度想事，在他人陷入困境时毫不犹豫地施以援手，让他人获得物质的安全或精神的尊严。与庞大的外在世界相比，任何人都是渺小的，这种渺小使人们很难独自面对生活的风风雨雨。当生命出现风雨泥泞，他人的仁心便显得无比重要。蔡元培深深地懂得这一点，因此，在别人需要帮助时，他从来都不吝付出。他对作为新人物的陈独秀、鲁迅如此，对身为旧人物的辜鸿铭、刘师倍也是如此，从来不计利益得失，更不计党派之争。近百年来，蔡元培能够为几乎所有中国人所铭记和敬仰，离不开他为人的仁心仁义。