中央对特别行政区的全面管治权必须坚持国家治理现代化的历史逻辑、理论逻辑和制度逻辑.中央对特别行政区的全面管治是在“一国两制”框架下进行的,落实中央对特别行政区的全面管治权则是推进国家治理现代化的重要体现.中央对回归之后纳入国家治理体系的香港和澳门两个特别行政区依法行使全面管治权,既坚持把对特别行政区的全面管治作为整个国家治理一部分的共性特征,又正确把握香港、澳门实行“一国两制”而不同于内地的个性特征.中央对特别行政区的治理仍面临分裂行为、抵制行为、破坏行为、干预行为以及特别行政区治理效能不足等方面的挑战.推动国家对特别行政区治理体系和治理能力现代化,需要实现中央治理和特别行政区政府施政两个层面的治理现代化,包括积极有效落实中央对特别行政区的全面管治权、加强中央对特别行政区高度自治权的有效监督、提升特别行政区高度自治的效能,以及实现全面管治权和高度自治权有机结合、融入式结合.