《台湾文献汇刊》系“台湾文献史料出版工程”主体项目之一，由厦门大学与福建师范大学负责编纂。
　　《台湾文献汇刊》遴选汇编台湾历史文化研究领域最具权威性的珍稀文献资料600余部。收录的文献资料，绝大部分是分藏于祖国大陆各地图书馆、档案馆以及散落于民间的孤本、珍本、抄本，也有一部分是近年在台湾、日本等地新发现的珍贵文献。这些文献资料具有很高的史料价值和研究价值，为揭示台湾历史发展变迁，揭示两岸不可分割的文化渊源关系，提供了最原始、最有力的证据。该项目出版之后，在海内外产生了积极的影响，受到了两岸学术界、出版界的广泛关注和热烈反响。
　　
　　《台湾文献汇刊》辑录涉台历史文化珍贵文献史料600多部，4万多页，总计100册，定价6万元人民币，已由九州出版社与厦门大学出版社于2004年正式出版。
　　
　　《明清宫藏台湾档案汇编》系“台湾文献史料出版工程”主体项目之一，由海峡两岸出版交流中心与中国第一历史档案馆参与共同编纂。该书全面整理、解密了中国第一历史档案馆所藏明清时期有关台湾档案，系统反映了台湾地方与明清两朝中央政府的关系，如实追记了明清政府对台湾的有效管理，具有极其重要的研究价值。
　　《明清宫藏台湾档案汇编》所辑明清宫藏台湾档案自明朝天启年间至晚清光绪时期，其内容丰富翔实。举凡郑氏收复、康熙统一、乾隆平定、光绪设省等重大事件及官员任免、移民开发、海疆防务、甲午割让等诸多台地大小政事均有记载。有许多档案是在这次编纂过程中第一次发现，直接生动地反映了明清两朝宝岛台湾的沧桑历史。
　　《明清宫藏台湾档案汇编》已被列为“十一五”国家重点出版规划项目，辑录明清时期涉台珍贵档案18000多件，全书230册，定价19.8万元人民币，由海峡两岸出版交流中心策划，九州出版社2008年12月正式出版。
　　
　　《馆藏民国台湾档案汇编》系“台湾文献史料出版工程”主体项目之一，由海峡两岸出版交流中心与中国第二历史档案馆共同编纂。该书全面整理、解密了中国第二历史档案馆所藏民国时期有关台湾问题档案，系统反映了民国时期中国政府与台湾的关系。
　　《馆藏民国台湾档案汇编》所选档案史料揭露日本对台湾的殖民统治，记录台湾同胞在日据时期心向祖国，与日本殖民统治当局进行的不屈抗争；反映了抗战胜利前后中国政府对台湾地区的接收、管理及全面安排台湾光复后经济、文化、教育等重建工作，是研究台湾与祖国关系不可多得的第一手史料，具有极高的研究、参考与收藏价值。
　　《馆藏民国台湾档案汇编》已被列为“十一五”国家重点出版规划项目，辑录民国涉台珍贵档案6000多件，13万页，总计300册，定价28万元人民币，由海峡两岸出版交流中心策划，2007年由九州出版社出版。
　　
　　“台湾研究文库出版工程”规划出版的图书由海峡两岸出版交流中心策划，九州出版社出版，通过对建国以来已出涉台专著精选再版及对今后涉台图书规划资助，把深入研究台湾历史、社会、政治、经济、文化，探讨台湾问题及两岸关系的优秀学术成果系统编纂出版。工程规划出版图书150种，约6000万字，主要为大陆研究成果，其中，再版图书约占40%，新版图书约占60%；内容分为四大部分：一是再版1949年以来大陆部分台湾研究专著；二是国家社科基金资助项目中已完成暂未出版及正在进行的优秀涉台研究成果；三是全国各大院校涉台优秀博士论文(约有60余种)；四是公开征集国内各台湾研究机构已经完成暂未出版及正在进行的涉台优秀研究成果。目前已出版的文库规划精品图书《清代渡海巡台制度研究》、《台湾经济增长理论》、《清代台湾市镇研究》等专著受到两岸学术界的极大关注，在一定程度上促进和丰富台湾研究。