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分别于2004年5月和11月对雅砻江(锦屏段)及其主要支流22个采样点的底栖藻类进行研究。共采获底栖藻类150种,分属3门(硅藻、绿藻和蓝藻),37属。其中硅藻门占绝对优势(96.5%),线性曲壳藻(Achnanthes linearis)和Achnanthesdeflexa为绝对优势种,其相对丰富度分别为35.3%和11.0%。细端菱形藻(Nitzschia dissipata)和小型异极藻(Gomphonemaparvulum)是雅砻江(锦屏段)干流的优势种,而线性曲壳藻、扁圆卵形藻(Cocconeis placentula)和Achnanthes deflexa是其他支流的优势种。基于底栖藻类的物种组成和相对丰度,对两次的采样点进行去势对应分析(DCA),结果发现:两次采样雅砻江(锦屏段)干流样点与其他支流样点在DCA第一轴上得到了很好的分化,表明研究区域底栖藻类群落存在明显的空间差异,这主要是由干流的特殊生境所致。典范对应分析(CCA)结果显示不同季节影响底栖藻类群落结构的环境因子有所差异。总磷(TP)是5月份影响底栖藻类空间分布的最主要因素;11月份影响底栖藻类空间分布的最主要环境因子为氨氮(NH4-N)和海拔(Elevation)。