用推广的模拟退火算法研究HIV—1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接

来源 :内蒙古大学学报：自然科学版 | 被引量 : 0次 | 上传用户：Mciael

【摘要】

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推广的模拟退火算法是一种普遍的全局极小化方法,在目标函数自变量数目不很大时,计算效率较高.首先将该算法应用于假想分子模型间的刚性对接,然后将算法应用于HIV-1蛋白酶与

【作者】

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张有广李前忠

【机构】

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内蒙古大学理论物理与理论生物学研究室,内蒙古大学理论物理与理论生物学研究室

【出处】

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内蒙古大学学报：自然科学版

【发表日期】

：

2001年5期

【关键词】

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模拟退火算法刚性分子对接 HIV-1蛋白酶苯甲醚配体能量构型分子间相互作用 generalized stimulated annealingrigid

【基金项目】

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国家自然科学基金

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推广的模拟退火算法是一种普遍的全局极小化方法,在目标函数自变量数目不很大时,计算效率较高.首先将该算法应用于假想分子模型间的刚性对接,然后将算法应用于HIV-1蛋白酶与苯甲醚配体的刚性对接.结果表明,该算法可以较高的效率查找到分子对接的最佳能量构型,对实际分子的计算结果与晶体结构非常接近,偏差为0.03nm RMSD.

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