【摘 要】
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基因信息选取工作中由于数据量庞大,传统单线程运行的分类查询方法无法满足实时性与提取精度要求。为此,利用Hadoop框架设计两阶段并行计算模型。其中第1阶段用于候选基因子
【机 构】
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辽宁工程技术大学软件学院,中国石油大学地球物理与信息工程学院
【基金项目】
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辽宁省教育厅基金资助项目(L2012113)
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基因信息选取工作中由于数据量庞大,传统单线程运行的分类查询方法无法满足实时性与提取精度要求。为此,利用Hadoop框架设计两阶段并行计算模型。其中第1阶段用于候选基因子集并行选取,第2阶段用于并行K近邻基因信息选取,从而实现并行计算的全过程覆盖。为降低算法的计算复杂度,针对基因信息微阵列数据,定义数据筛选指标对其进行采样,在降低数据处理量的同时消除数据冗余。实验结果表明,该算法具有较高的运行效率,并且继承了Hadoop编程模型的可扩展特性,可移植性较强。
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