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针对交叉效率评价方法原有模型中交叉效率值不唯一的情形,联系灰色关联分析理论,构建了一个理想的决策单元,定义各决策单元与理想决策单元间的灰色关联度,以灰色关联度最大为目标,提出灰色关联DEA交叉效率评价方法,建立优化模型来计算投入和产出指标的最佳权重,得出决策单元的交叉效率值,实现对决策单元的完全排序。将模型用于评价我国区域创新绩效,证明了模型可以较好地用于评价区域创新效率。