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采用以烟碱作为唯一碳氮源的选择性培养基，对烟草表面的细菌进行选择性分离，建立降低烟碱含量菌库，通过富集初筛复筛等试验后，从中筛选出一株具有高效降解烟碱能力的细菌MK21。根据形态学特征和生理生化反应及16SrDNA的鉴定，鉴定其为短小芽孢杆菌。将该菌制成菌剂喷施于50g烟丝样品上，发酵处理5d。通过测定烟丝的总糖、还原糖、烟碱、氯、钾含量。结果表明：处理后的烟丝中烟碱含量均有下降，其中最高的达到了26.3％。通过短小芽孢杆菌MK21处理后的烟叶样品，达到刺激性降低、掩盖杂气和改善卷烟吸味的效果。