目的 对2017年度全市40个区(县)的国家基本公共卫生服务项目实施评估,使重庆市国家公共卫生服务项目实施与管理更加规范,并讨论绩效考核指标体系的优缺点.方法 将重庆市40个区(县)根据区域经济发展水平分为主城区、近郊区、渝东北和渝东南,共4个区域,应用更适合重庆实际情况的基本公共卫生服务绩效考核指标体系(即组织管理、资金管理、项目执行、项目效果、家庭医生签约服务,共5个1级指标)对全市2017年度的基本公共卫生服务项目于2017年12月份进行现场考核,不同区域之间的考核结果进行差异性分析.结果 考核指标除组织管理、资金管理外,总分、项目执行、项目效果和家庭医生签约服务在4个不同经济区域比较差异有统计学意义(均P＜0.05),主城区各项指标得分(组织管理6.23分、资金管理4.76分、项目执行69.35分、项目效果8.99分、家庭医生签约服务2.07分)都处于全市前列,渝东南经济发展区各项得分(组织管理6.07分、资金管理4.48分、项目执行60.94分、项目效果8.42分、家庭医生签约服务2.04分)处于末位;项目效果考核指标在各区县得分普遍偏低.结论 通过考核评价,重庆市基本公共卫生服务区域间差距明显,基本公共卫生服务均等化仍需提高;重庆市基本公共卫生服务质量不高,效果不佳;新指标体系弥补了对重庆市基本公共卫生服务绩效考核面不全、指标简单不够量化等不足.