目的 对2019年9月辽宁省阜新市某中学一起手足口病聚集性疫情的未分型肠道病毒进行病原学鉴定,分析其种系发生情况.方法 使用实时荧光PCR对标本进行初步病原学鉴定,使用巢式PCR对未分型肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行扩增和测序,BLAST比对确定肠道病毒型别,利用生物信息学软件将VP1区全长序列与柯萨奇病毒A6型(CV-A6)各亚型参考序列进行同源性和系统进化分析.结果 5份标本经实时荧光PCR检测,结果显示肠道病毒通用型核酸阳性,CV-A16型和EV71型核酸均为阴性,判断为非CV-A16非EV71型肠道病毒感染.对肠道病毒VP1区部分核苷酸序列进行在线BLAST比对,结果显示5例患者标本均为CV-A6型肠道病毒阳性,其VP1区核苷酸序列同源性为100％.系统进化分析显示,5例标本属于我国广泛流行的CV-A6 D3亚型,且与辽宁省近几年的优势流行株在同一个进化树分支上.结论 引起此次聚集性手足口病疫情的病原体为CV-A6型肠道病毒,与近年来辽宁省流行的CV-A6毒株亲缘关系密切,未发生明显变异.