加快制造业转型升级是推动实体经济由大变强的必由之路,也是实现高质量发展、建设现代化经济体系的战略举措。要素市场扭曲和资本深化是影响我国制造业转型升级的重要因素。本文分析了要素市场扭曲、资本深化与制造业转型升级之间的作用机理,使用可行性广义非线性最小二乘法(FGNLS)估计了生产函数并测算了要素市场扭曲状况和制造业转型升级程度,实证检验了要素市场扭曲、资本深化与制造业转型升级之间的作用机制。研究结果表明,我国要素市场扭曲状况长期存在,资本价格负向扭曲程度更为严重,低廉的要素成本导致资本深化加快,对制造业内部结构合理化产生了抑制作用;在要素市场扭曲情况下,资本深化和资本过量投入导致了产能过剩和创新惰性,在长期内不利于制造业转型升级。加快要素市场改革、推进技术创新、提高资本使用效率,是推动制造业转型升级的有效举措。