【摘 要】
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目的 对河南省安阳市1例新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染病例全基因组测序及进化变异分析。方法 选取1例新型冠状病毒肺炎无症状感染者的鼻咽拭子进行Nanopore纳米孔测序获得病毒的全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用分子进化遗传分析软件鉴别病毒基因的变异位点;与参考基因进行比对,构建进化树。结果成功获得该病例的SARS-CoV-2的全基因组序列,基因组全长29 850 bp;
【机 构】
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安阳市疾病预防控制中心微生物检验科
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目的 对河南省安阳市1例新型冠状病毒（SARS-CoV-2）感染病例全基因组测序及进化变异分析。方法 选取1例新型冠状病毒肺炎无症状感染者的鼻咽拭子进行Nanopore纳米孔测序获得病毒的全基因组序列,应用在线分析平台,判断病毒型别;利用分子进化遗传分析软件鉴别病毒基因的变异位点;与参考基因进行比对,构建进化树。结果成功获得该病例的SARS-CoV-2的全基因组序列,基因组全长29 850 bp;同武汉参考株（NC04512.2）序列相比,共检测出78处核苷酸突变位点,在共享上海参考株（ON955521.1）74个突变位点的基础上,增加4个突变位点,分别为C4832T、C5157T、C20030T、C25546T;病毒分型结果显示属于奥密克戎BA.2.2.1型;进化分析显示与上海参考株全基因组序列高度同源。结论 通过Nanopore纳米孔测序获得全基因组序列,能够为当地的病毒进化溯源、病毒变异、流行病学调查和疫情防控提供依据。
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