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对合伙企业的跨国所得进行课税时常常要适用双边税收协定，而协定的适用又离不开国内税法，由于各国国内所得税法对合伙企业的规定不同，当缔约国给予合伙企业不同税收待遇时，其对合伙企业所得的性质会产生识别冲突，从而导致双重征税和不征税。因此，课税时应结合税收协定与缔约国有关规定对合伙企业的居民资格、企业利润、特别报酬予以分析，以便进行正确的定性，正确适用双边税收协定，避免双重征税。