由于多方面的原因导致海峡两岸第三产业间的合作长期以来处于低水平状态,其中也包括经贸合作中的税收政策及协调问题.海峡两岸的现行税制各具特色.两岸税收制度不同凸显涉税问题特殊而复杂,通过确立两岸税收协调的正确思路和合理措施,可促进两岸第三产业合作实践的推进.促进海峡两岸第三产业合作与发展的税收政策建议包含两个方面.在税收政策的协调方面:制定统一、规范的第三产业税收政策体系；逐步扩大增值税的征收范围,解决重复征税问题;通过差别税率,实现税收政策的引导作用;完善金融业税收扶持政策,加快两岸金融服务中心建设；改革房地产保有环节税种,开征统一的房产税和地价税；加强两岸电子商务税收的合作.在征管协作方面:在对居民个人的判定标准上适当从宽;对常设机构的营业利润,在两岸税收安排中仍实行实际联系原则;在设置对投资所得征税的待遇时,建议双向考虑,尽量按照最优惠的税率签署两岸的税收安排;在谈签税收安排时,应包含“教师和研究人员”条款;消除双重征税,在两岸税收安排中规定双方互相给予饶让抵免；实行税收无差别待遇；明确相互协商程序；应积极引入信息交换;对敏感的税制和税收政策异动设置税制协调试验区,建议以国务院批准的“海西”经济区或福建省作为实验区,承担两岸税制协调的先行先试任务.