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病原微生物广泛存在于自然环境,常对人类和动物的健康带来极大的伤害.传统病原微生物的鉴定方法主要基于微生物纯化培养和分离,但绝大多数微生物为非培养微生物,而目前应用较为广泛的免疫学方法和PCR技术等每次检测样品数量少且只能检测已知病原体.宏基因组学技术以某特定环境中的微生物群体为研究对象,在非培养型微生物的鉴定中极具优势.下一代测序技术(NGS)的迅速发展极大的促进了宏基因组学的发展及应用,使得该技术迅速而又广泛的应用于各种环境微生物的研究中,并已渗透到医药、农业、生物技术等多个领域.宏基因组学在微生物病原体鉴定研究方面具有巨大的潜力和优势,本文就近几年基于NGS的宏基因组学在病原微生物鉴定相关研究进行概述.