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自主创新能力是提升区域核心竞争力的关键因素，目前已经成为国家和地区之间经济竞争力角逐的焦点。文章通过对山东省自主创新体系的系统分析，选取人力因子和财力因子为投入指标，技术创新因子和经济创造因子为产出指标，构建山东省区域自主创新能力指标体系，在利用因子分析法检验选取的投入产出指标有效性和相关性的基础上．运用DEA模型分别对山东省的17个区域的自主创新能力进行综合评价，通过评价结果，针对性地提出了区域自主创新能力建设的对策与建议。