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霍乱弧菌O139是近年来出现的新型霍乱弧菌，其与O1和其它非O1霍乱弧菌之间的关系是急待解决的问题。本工作应用核酸脉冲场凝胶电泳、基因探针分子杂交、多位点酶电泳和聚合酶链式反应等分子生物学方法，对霍乱弧菌O139、O1和其它非O1的分子生物学特征进行研究。结果表明，霍乱弧菌O139具有O1流行株的主要毒力因子基因，其基因组特征也与O1群流行株相似，但相互之间有微小的差异。分子生物学数值分类表明，霍乱弧菌O139与霍乱弧菌古典型和埃尔托型流行株为一个克隆群，O139菌株与埃尔托型非流行株和其它非O1霍乱弧菌的遗传关系较远，因此O139菌株应列为霍乱病原菌。结果显示，作为霍乱的病原体，不论其表型如何，都具有特定的基因组特征和毒力基因特征。