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胡塞尔现象学包含着丰富的关于本体论差异问题的思考,具体表现在纯粹观念与非纯粹观念、纯粹逻辑与非纯粹逻辑、纯粹世界与非纯粹世界等本体论差异问题。胡塞尔的这种思考实际上就是纯粹本体论与非纯粹本体论差异问题的思考。他认为非纯粹本体论是一种非基础本体论或非科学本体论,纯粹本体论则是一种基础本体论或科学本体论,主张现象学研究的主要目的,就是在对纯粹心灵哲学与非纯粹心灵哲学之间的本体论差异问题的批判性分析中,确证一种严格科学哲学规范及伦理价值典范。但是事实上,胡塞尔的现象学本体论始终包含着一种纯粹性与非纯粹性互渗的现