目的:开展查尔酮合成酶基因序列多态性研究,以便更准确地对红花种内不同种质资源进行分子鉴定。方法:研究选用全国6个省收集到29份红花种质资源,对常用条形码片段(ITS2、psbA、ITS、ycf5及rpoC1)及查尔酮合成酶基因片段(CtCHS1)进行克隆,采用DNAsp 4.1分析序列多态性,采用软件MAGA 5.0判断克隆片段对红花不同种质资源的进行鉴定。结果:psbA、ITS及ycf5对29份红花种质资源的克隆序列完全一致,不能区分29份材料;ITS2序列存在1个位点差异,将29份材料分为两类;rpoC1序列存在4个位点差异,将29份材料分为4类;CtCHS1序列存在23个位点差异,能将29份材料分为13类。结论:研究结果表明基于查尔酮合成酶基因序列多态性能对红花不同种质资源进行鉴定,结果丰富了中药条形码鉴定系统,为后续开发功能标记应用于红花分子辅助选育奠定基础。