【目的】马铃薯Y病毒（Potato virus Y,PVY）作为制约马铃薯生产的重要病毒之一,株系分化繁杂。近年被科学家研究分离的PVY^N-Wi和PVY^NTN-NW株系而言,其基因组结构极为相似但致病性差异较大。【方法】本研究利用qRT-PCR方法,方便快捷的检测出马铃薯Y病毒的这2种不同株系,同时并使之可成功且稳定的应用于马铃薯生产中。通过查找Gen Bank已公布的PVY^N-Wi和PVY^NTN-NW株系的全基因组序列,设计用于qRT-PCR检测,扩增目的片段大小为150 bp左右的特异性引物,应用实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）进行检测。【结果】通过设计的引物对保存的试管苗毒源进行检测,可以成功的精准鉴别出PVY^N-Wi和PVY^NTN-NW株系;同时对100份田间采集的叶片样品进行检测,成功的检测出100份样品中32份样品,受到PVY^N-Wi株系侵染;27份样品,受到PVY^NTN-NW株系侵染;同时存在9份样品,可能同时受到PVY^N-Wi、PVY^NTN-NW株系的侵染。【结论】实时荧光定量PCR技术（qRT-PCR）可适用于马铃薯叶片样品的检测,为株系的快速鉴定提供了可靠的方法,可用于生产中大规模样品的检测,有利于及时采取防控措施,降低损失。