【目的】利用有效的分子标记技术,对秦岭山区野生猕猴桃的遗传多样性及系统进化关系进行研究,为猕猴桃新种质的挖掘和品种遗传改良奠定基础。【方法】利用随机扩增多态性DNA标记(RAPD)技术,对采自秦岭山区的野生猕猴桃24个优良单株和中华猕猴桃等6个种或变种及其品种的22份资源进行了遗传多样性和亲缘关系分析。【结果】通过引物筛选,用16个RAPD引物对46份猕猴桃资源扩增出235条带,其中227条为多态性条带,多态性位点比例为96.29%;各猕猴桃资源间的遗传距离为0.139 53~0.807 34;UPGMA聚类分析结果显示,‘野生99-13’与‘武植2号’、‘魁蜜’、‘金阳1号’、‘武植6号’、‘中华♂’和‘广西红肉’等中华系列猕猴桃(A.chinensis Planch.)聚在一起,其余23份野生猕猴桃与‘哑特’、‘秦美’、‘徐冠’、‘徐香’等猕猴桃品种遗传距离较近。【结论】24份秦岭野生猕猴桃资源中,‘野生99-13’属中华系列猕猴桃,其余23份均属于美味猕猴桃(A.deliciosa var.deliciosa)。