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目的：提高部队医院运营效率,对建立健全绩效运行评价机制、科学设定部队医院临床科室医护人员绩效指标进行初探。方法：对某部队医院临床科室绩效指标体系进行初步设计,对设计前后医院的经营数据进行分析。结果：医院通过绩效指标体系设计后其经营数据有所提升。结论：科学设定部队医院临床科室医护人员绩效指标,对于带动整个医院绩效水平的提升和规范内部运行机制、调动临床科室的积极性有明显作用。