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基于不完全契约理论,以种业企业与科研单位合作创新为例构建演化博弈模型,运用Matlab软件仿真分析交易成本和风险支出等额外成本、剩余控制权收益、机会主义收益以及奖惩金额等参数对科企双方行为的影响。研究表明,机会主义收益和额外成本越大,合作双方积极性降低,越易产生机会主义行为;而提高奖惩金额以及剩余控制权收益能够使合作双方趋向积极合作。在此基础上,提出减少机会主义行为、提高合作创新积极性的政策建议,以期推动种业科企合作的健康发展。