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近年来,伴随着全球气候变暖以及持续多年的不合理的滥砍滥伐、过度放牧、屠杀动物等人类活动,三江源地区的生态持续恶化,如今水资源短缺,水土流失严重,三江源地区生态环境的日益恶化对该地区经济发展造成重大阻力和恶性影响.对于三江源生态功能区生态补偿制度来说,仍然存在很多问题,如生态补偿转移支付缺乏科学性和理论支撑,生态补偿体制不规范、不完善,法律约束不严厉、不完整等问题,从而使得三江源生态保护区生态补偿制度并未发生其应有的环境保护成效.近年来,三江源地区的生态环境持续恶化对于该地区乃至全国经济的可持续发展产生严重不利影响.本文提出建立健全政府间财政转移制度,完善生态补偿的长效机制等建议对于完善三江源地区生态补偿机制,对三江源的生态保护和建设工作提供较好的资金保障和制度优化提供一定的理论依据.