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自然保护区是一个由社会经济系统与自然生态系统组成的社会-经济复合系统，本文通过对自然保护区进行系统抽象和结构分区，指出自然保护区社会生态复合系统包含天然生态系统、人工生态系统、社区系统、旅游产品开发运行系统以及管理系统，并把保护区区域按照功能结构划分为核心区、过渡区、外围区与居住区。在对自然保护区复合系统分区的基础上分析了社会生态复合系统中的物质能量反馈机理，从而为进一步研究自然保护区系统论奠定基础，为科学管理和规划自然保护区提供理论依据。