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对牛山湖5个站点的浮游生物群落DNA多态性进行了RAPD指纹和PCR—DGGE指纹分析，并探讨了其与理化因子的关系结果如下：1）从40条随机引物中筛选出9条引物，共获得93条谱带，多态率为58％；各站点所得谱带平均为67条，其中I站最少，为61条，V站最多，为74条；2）PCR-DGGE指纹图谱共含102条谱带，其中原核生物56条，真核生物46条，谱带总数以III站、Ⅳ站和V站较多，I站和II站较少；3）II站的总磷、叶绿素、化学耗氧量、硬度及电导率最高：各站点问溶氧和pH差异较小．相似性聚类分析表明，浮