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地方本科高校转型面临着难以体现“市场选择”、激励制度不足、高校与市场对接制度匮乏、评估制度合理性不足的制度困境,这些直接影响地方本科高校转型的效果。地方本科高校转型必须有一个新的制度框架作为保障,需要置身于一种以国家制度能力健全为前提,将制度性利益合法化为核心,将自主发展与有效监督融合为保障,以实现多元利益群体的共赢为目标的制度框架之上,为地方本科高校转型提供有效的制度保障。