了解辽宁省手足口病(hand, foot and mouth disease, HFMD)患者中分离到的柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A group 6 type, CV-A6)VP1区基因特征。
方法收集2014—2018年辽宁省14个市送检的HFMD患者非肠道病毒A组71型(enterovirus A group 71 type, EV-A71)和非柯萨奇病毒A组16型(coxsackievirusA16, CV-A16)肠道病毒(enterovirus, EV)的阳性标本，通过细胞培养法分离EV，提取病毒RNA，用RT-PCR法对EV VP1区基因扩增和序列测定。利用Blast对测序结果比对后确定病毒基因型别。对鉴定为CV-A6的分离株利用软件DNAStar和MEGA5.0进行VP1区同源性分析，并构建系统进化树。
结果2014—2018年辽宁省共收到非EV-A71和非CV-A16其他EV的阳性标本7 379份，用人横纹肌瘤细胞(rhabdomyosarcoma cells, RD)分离出111株CV-A6。通过遗传进化分析显示，CV-A6流行株形成A、B、C、D分支，D分支分为D1～D3亚分支，2014—2018年43株辽宁省CV-A6分离株处在D2和D3亚分支，D2亚分支11株，D3亚分支32株。辽宁CV-A6分离株间的VP1区基因核苷酸同源性和氨基酸同源性分别为91%～100%和95.5%～100%；与处在A分支的原型株Gdula的核苷酸同源性为79%～82%，氨基酸同源性为90.9%～92.4%，亲缘关系较远；与2008年芬兰变异株KM114057共同处在D分支，亲缘关系近，核苷酸同源性为93%～96%，氨基酸同源性为93.9%～98%。
结论辽宁省CV-A6分离株有D2和D3分支共同流行传播，其中D3分支是优势流行株。