本文从价值链角度出发,构建关联型两阶段DEA模型,测度和比较2005-2010年中国不同性质工业企业、内资等3类企业的科技研发和成果转化效率及差异,给出创新资源利用的4种模式,并利用Tobit模型检验了效率的影响因素。研究表明:(1)考察期内工业企业创新整体效率均值为0.694,科技研发和成果转化阶段效率偏低成为制约效率提升的共同因素。(2)中国内资、港澳台商投资企业和外商投资企业创新效率依次递增,效率差异明显。国有或国有控股企业由于创新剩余控制权和索取权的分离,缺乏有效的创新激励和监督。而外资企业利用母国技术、品牌等优势,在科技成果转化领域较为成功。属于高研发高转化的企业仅占33.3%,主要来自港澳台商和外资企业。(3)企业规模的壮大有利于科技研发效率的提升,而科学家和工程师数与科技研发效率负相关。企业规模对科技成果转化效率和整体效率具有显著正向影响,政府支持和金融支持则对二者有明显负作用。最后,给出了一些政策建议。