在引入工业"三废"和CO2等指标的情况下,本文基于共同前沿理论,利用规模报酬不变和可变的DEA模型测度分析2003—2010年各省份企业绿色科技研发、成果转化效率以及区域间的技术差距,并对无效率值进行分解,最后检验两阶段效率的影响因素。研究表明:(1)考察期内中国企业两阶段绿色创新效率偏低,且均呈现下降趋势,各阶段纯技术效率持续减少是其主要原因。与传统效率相比,绿色效率值更低,绿色与传统成果转化效率省际排名间呈现显著的正相关性,表明经济效率不高省份在技术环境效应转化中依然落后。(2)各省份、区域间效率差异明显,TGR值显示,东部地区两阶段创新技术水平均高于中西部,且存在差距继续扩大的风险。大多数东部省份两阶段无效率主要受制于企业管理水平低下,而生产技术差距和管理无效率则是中西部省份的共同制约因素。(3)国有经济比重、外商投资和技术交易环境对科技研发效率的提升具有积极影响,企业规模则起阻滞作用。技术交易环境优化显著促进成果转化效率的提升,而企业规模和国有经济比重具有负影响。