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北京松山自然保护区野生脊椎动物相当丰富，初步调查有脊椎动物53科183种及亚种，其中兽类15科29种，鸟类26科119种及6亚种，爬行类5科15种，两栖类2科2种，鱼类2科12种。有国家一级重点保护动物3种，国家二级重点保护动物8种，北京市重点保护动物14种，市级一般保护野生动物50种。保护区内动物区系的复杂性与松山自然保护区地貌和小气候多样性有关。