山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组SSR和SNP分析

来源 :西北植物学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：test1987

【摘要】

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利用Illumina HiSeq TM 2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25

【作者】

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李彦焦秀洁更吉卓玛贾留坤王智华陈世龙高庆波

【机构】

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中国科学院西北高原生物研究所,中国科学院大学,中国科学院西北高原生物研究所,中国科学院西北高原生物研究所

【出处】

：

西北植物学报

【发表日期】

：

2018年7期

【关键词】

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山地虎耳草棒腺虎耳草转录组简单重复序列(SSR) 单核苷酸多态性(SNP) Saxifraga sinomontana Saxifraga consang

【基金项目】

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中国科学院“西部之光”人才培养引进计划,中国科学院青年创新促进会项目(2016378)

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利用Illumina HiSeq TM 2000对山地虎耳草和棒腺虎耳草进行转录组测序,分析和比较其SSR和SNP特征。结果表明:山地虎耳草63 763条Unigene序列中含有4 622个SSR,发生频率为7.25%,有110种重复基元,平均每10.00 kb出现一个SSR位点;棒腺虎耳草60 972条Unigene序列中含有4 542个SSR,发生频率为7.45%,有85种重复基元,平均每10.40 kb出现一个SSR位点,略低于山地虎耳草。山地虎耳草和棒腺虎耳草转录组序列的SSR优势基元均为三核苷酸

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