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目标起始密码子多态性（Start Codon Targeted Polymorphism,SCoT）是一种可以与目标功能基因紧密连锁的目的基因标记,具有开发简单,成本低廉,稳定性和重复性好,多态性丰富,引物可在物种间通用等特点,已在多种植物中广泛应用.综述SCoT分子标记的原理及特点、引物设计、在茶树上的应用进展等方面,展望其在茶树指纹图谱构建和种质鉴定、差异基因表达分析、遗传连锁图谱构建方面的应用前景,以期为该标记在茶树中的深入应用提供更多参考.