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采用RAPD和AFLP2种方法对7份不同地域来源的小茴香材料进行聚类分析，RAPD标记平均每个引物检测到6．0个位点，多态性比率为80．8％；AFLP标记平均每对引物检测位点数为39．4，多态性比率为34．3％；2种标记方法均将参试材料分为3类。结果表明，小茴香的亲缘关系与其地域来源存在相关性，同时小茴香的亲缘关系不能单一地考虑地域因素。