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结合河北省制药企业，运用复合生态系统理论，对制药企业生态系统及非生物部分的构成行了分析，界定了制药企业生态工程的内涵。在此基础上，运用多目标多层次决策理论与方法，构建了制药企业生态工程多目标决策模型和制药企业决策指标。其中，指标体系包括主因素层3大类指标、子因素层8类指标、次因素层23个指标。运用模糊综合评价法，结合河北省某制药企业，对其生态工程进行了科学评价，为我国制药企业开展生态工程评价提供参考依据。