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采用ISSR分子标记对裕丹参4种变异类型基因组DNA进行PCR扩增，利用SPSS11．5软件进行类型间亲缘关系分析，构建遗传树状图．结果表明，从50条ISSR引物中筛选出8条具有鉴别意义的多态性引物，在裕丹参4种变异类型中共得到65条带，47条为多态性条带，多态性位点72．3％，聚类分析将裕丹参4种类型分为2个类群，表明裕丹参4种变异类型遗传分化明显．ISSR标记可以作为裕丹参4种变异类型鉴定的有效分子标记．