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湖泊沉积物在湖泊生态系统中扮演了一个非常重要的角色，它是微生物与湖泊生态环境的营养循环与物质交换的基础，因此，研究湖泊沉积物微生物多样性具有非常重要的意义．通过对近几年湖泊沉积物微生物多样性的研究方法进行综述，介绍了各种方法的原理及其应用特点等．最后指出，对于湖泊沉积物微生物多样性的研究应该以分子生物学方法为主体，同时将传统方法与分子生物学方法相结合，才能得到更为准确的微生物多样性信息．