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目的 利用16S rRNA高通量测序研究广西水牛研究所3品种水牛生鲜乳中的细菌多样性.方法 提取当天采集的水牛生乳样本细菌总DNA、PCR扩增细菌的16S rDNA、纯化PCR扩增目的片断,将PCR产物与pMD18-T载体连接,构建其菌群的16S rDNA文库.用Miseq对其16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序以及基于局部比对算法的搜索工具(basic local alignment search tool,BLAST)比对.结果 3品种27个样本共获得1223个光转化单元(optical transform unit,OTUs),三品杂水牛乳、摩拉水牛乳、尼里-拉菲水牛乳独有的OTU分别为295、41和42,共有OTU为511.物种组成与丰度差异显示:3品种优势菌门为:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes).优势菌属为:金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseusomonas).样本层级聚类显示:3品种样本间菌落组成相似度较高.PCA与PLS-DA分析表明:3品种样本组内菌群多样性差异不显著,但组间菌群丰度差异明显.结论 摩拉、尼里-拉菲及三品杂水牛生鲜乳中细菌菌群均呈现较丰富的多样性,其共有的优势菌群为金黄杆菌(Chryseobacterium)、不动杆菌(Acinetobacter)、乳球菌(Lactococcus)、假单胞菌(Pseusomonas).各品种间菌群组成种类整体相似,但其主要菌落丰富度差异明显.