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1644年的中国，正是明清交替。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝的摄政王多尔衮，或许还应加上一位，明朝的辽东总兵吴三桂。其实，还有一位主角一直为人们忽略：小小老鼠。
1644年，农历三月15日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。3月16日，大顺军到昌平。昌平的巡抚何谦逃走，总兵李守荣自缢。大顺军乘势焚毁了明十三陵的享殿。17日，他们已经到达了阜成门外，将北京城包围。
这时的李自成，令一位投降了自己的明朝太监杜勋入城，要与崇祯皇帝朱由检谈判。在17日的夜里，杜勋向北京城头用箭射了一封信，说明他要见皇帝，太监王承恩将他用绳子系了上来。杜勋告诉崇祯帝，李自成开出的条件是：割西北疆土给他，他另立为王，此后他将不奉诏，不入觐。另外，再给银两100万两犒军，他就可以暂退河南。
接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由检仓皇出逃，在故宫后的景山吊死在一棵老槐树上。
历史在此留下了疑团：以李自成的实力，打败眼前的明朝军队已经根本不是问题，又何必开出“西北王”的谈判条件？如果朱由检真的答应了他的条件，他还真退兵不成？
就在李自成进军北京的路上，二月里，他曾在宁武关与明朝军队有过一场激战。那一仗，明朝守军不过几千人，李自成的人马有几十万，但明军守将周遇吉拼死抵抗，大顺军还曾经中了明军的计，一下子折损几千人。最后李自成用人海战术，前仆后继以数万人的代价，才拿下宁武。
惨胜之后，李自成心有余悸，前面的关隘还有很多，都这样打还受得了？不如先班师回西安吧。不料就在他们想退之时，忽然又收到明朝大同和宣府的总兵的降表，于是又改变计划，决定继续向北京进发。
所以，或许也可以这样推论，连李自成自己都没想到，北京城拿下得如此轻易。他在宁武关遇到的只是一员总兵官的部队，那么防守京城的，岂不是明朝最精锐的御林军？
“老鼠‘消灭’了明朝”
然而，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。后人在讲到明末清初改朝换代的这段历史时，往往都注重讲政治大势，军事攻防，历史学家们很少有人关注到这场发生在崇祯十六年（1643年）北京城的惨烈大疫。
1997年，上海交通大学历史系的曹树基教授在他的论文《鼠疫流行与华北社会的变迁》中，提出了明末华北地区流行的大疫实际就是鼠疫，在2006年他与李玉尚合写的《鼠疫：战争与和平》一书中，又对此观点进行完善补充，明确提出：“老鼠‘消灭’了明朝”。
曹树基的史料根据，大部分来自华北一带清朝末年的地方志。根据他的勾勒，这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫？曹树基查到的地方志记载和明人当时的笔记，人们称这场大疫为“疙瘩瘟”、“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。” 有一个叫吴彦升的官员，刚准备去温州赴任，他的一个仆人死了。他命另一仆人去棺材店买棺材，久久不见回来，竟然死在棺材店里。有一对新婚夫妇，婚礼之后，夫妇坐于帐中很久没有出来，打开帐子一看，夫妇两人死于床的两头。只有鼠疫才能有如此烈性威力。这场鼠疫，发生在北京城破前一年的二月到九月。
台湾的著名明史专家邱仲麟，于2004年在《明代北京的瘟疫及帝国医疗体系的应变》一文中，对北京的这场大鼠疫有更详细的描述。到崇祯十六年四月时，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这場大疫夺走20万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在80万到100万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉一人。“堪称是一场超级大瘟疫”，邱仲麟写道。当时的北京城里盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上，民间整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”，官方也没法制止——这是怎样的一座鬼气森森的城市！
这时候，政府还能做点什么？当时的皇帝似乎已经顾不上这事。虽然在崇祯十六年二月疫情就爆发了，直到七月，驸马巩永革上疏说，请皇帝“轸念孓遗，亟赐拯救”，这时朱由检才下了一道谕旨，拨银两万两，令五城巡城御史收埋死尸，再拨一千两银子给太医院，医治病民。然而病人、死人太多，这点银子杯水车薪，根本不够用。
即使贵为宫廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。当时有位叫张真人的法师来北京，刚出宫不久就被皇帝叫了回去，命他施咒诵经来驱逐病魔，但死亡的人仍不见少。开始宫中每死一人，还能得到四千钱的抚恤，后来，连这个钱也没了。
可以想象，这时驻在北京的明朝军队怎能幸免于瘟疫。邱仲麟写道，当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。他引的一位明朝遗民张怡的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能上京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐。不过，明朝的军队向来腐败，驻京城部队吃空额的现象由来已久，也就是说，原来到了军队发饷的时候，还可以叫许多百姓来顶替领饷，比如，叫来许多小商贩或衙门班役来充场面，但现在百姓死得人太多，连顶替点名的人手也找不齐了！
不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。当时的守城将官低声下气求人来守城，“逾五六日尚未集”，朱由检下令让太监三四千人上了城墙。到了李自成兵临城下时，北京内城上五个城垛才有一个士兵，而且都是老弱病残，“鸠形鹄面，充数而已”，三月十七日李自成已经到了西直门时，京城还没什么像样的防御，而士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡李自成的精锐之师？ 有史料说，当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官“鞭一人则一人起”，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许，这都是一群半死的病人。
邱仲麟在这里也同意曹树基的看法：崇祯十六年的大鼠疫，间接造成了北京的沦陷与明朝的灭亡。
战争与病菌
但是，这里仍有疑问。首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们自己难道不会被传染？下一个问题就是，那么清军呢？李自成仅仅在北京呆了42天，接着是另一拨改朝换代，清朝人进来在北京建都，他们不会感染上大疫？
曹树基对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。
这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显著特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介，类似SARS。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。
“每一种疾病，有每一种疾病的机理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。这个时候李自成来了。如果李自成早几个月进来，他们也会被鼠疫消灭掉，不过，到最终清军还会进来，这个大趋势不会变。历史的演变真是非常有意思。”曹树基说。
在这个1644年的春天，李自成进北京又退出北京的前后，从曹树基研究的史料上看，在天津及南方，继续流行鼠疫。疫区一直伸延到了苏州、杭州。从症状的描述来看，既有腺鼠疫，又有肺鼠疫。
今天，人们可以在网上看到关于鼠疫与明末清初历史变局的各种假说。有人说，李自成的部队后来与吴三桂及清军的决战之所以大败，就是因为在北京已经感染了鼠疫，丧失了战斗力。到后来，李自成屡战屡败一溃千里，就是这个原因。而清军，占领北京后又迟迟不南下，听凭南明建立流亡政府抵抗，也是这个原因。
对此，曹树基并不敢认同。“李自成进北京后，应该鼠疫对战争是没有直接的影响了，后来发生的那些都属于政治史了。至少从史料上来说，没有李自成及其部将士兵染病的记载。”
“这一点确实比较诡异。从历史记载上看，李自成的部队经过的地方，都变成了疫区，发生了大疫，但是确实没有李自成部队本身受感染的记录。”
关于战争与疾病的因果关系，曹树基的合作者李玉尚曾写过一篇论文，讲述太平天国战争时，霍乱的流行怎样对这场战争发生影响。
在同治元年七月，太平天国战争已经到了决战时刻。清军一方，曾国藩的部队本来已经形势大好，满以为可以一举拿下南京。不想，一场凶猛霍乱使得“士卒十丧四五”，死去的人数以万计，有时军中病人连侍候服药的人都没有了。
“这个时候，正是太平天国一方大举反攻的好时候。可是，霍乱同样也袭击了他们的军营，使得他们也无力进攻。这样，战争进入了僵持。本来预计马上会结束的战争，又拖延了三年。”李玉尚说。
这是最典型的疾病直接影响战争的事例。而李玉尚的论文和结论，最有说服力的证据，来自曾国藩的书信。
在以往，人们只关注明末清初的政治斗争和军事战争，在正史中，关于这段历史时期的疫病记载不但少而且相当模糊。曹树基说，他做这段研究时，看了大量地方志，而邱仲麟的研究，大量历史资料是来自明人的笔记。
如果我们仔细去对应战争的轨迹与疾病的轨迹，仍会发现许多对不上的地方。或许，疾病流行本身的规律我们还没有悟透;或许，是因为当时的记录者也好，后世的阅读者也好，目光早已被那改朝换代的大事变所遮蔽，已经无暇关注到在翻天覆地的狂飙之中，那藏在人间角落里的小小老鼠。
人与鼠：战争与和平
但是事情还没有完。鼠疫最初是怎么发生的？为什么明末的几场大鼠疫，都是从山西开始的？曹树基开始注意到，自明清以来，山西长城口外地区的自然环境发生了巨大的变化，也就是说，从这时候开始，有大量的汉人迁入，大片原来的牧场被开垦成农田，这里的生态环境变了。
历史记载，大批汉人进入塞外是在明嘉靖年间（1533-1534），大同边卫发生变乱，许多汉人逃往口外投奔蒙古俺答。他们还大肆招徕汉族逃民在那里耕田。也有记载说蒙古俺答也从内地掳掠汉人过去，从事农活。
本來在草原上生活着大量的老鼠。它们中也会有携带鼠疫杆菌的病鼠，“但是只要带菌老鼠的种群小到不足以传染流行，就没关系。在草原上一般就是这个情况。”曹树基说。但是，如果大量的人过去，改变了这种关系，情况就不同了。这时，人与鼠接触的机会就大大增加，特别是在发生旱灾的情况下。
据鼠类专家的研究，一旦发生旱灾，老鼠会到处去找食物，其中不少就窜到了人类的集中居住地。而因为它们吃不饱，会导致体质变弱，这时它们身上带的跳蚤会格外多，干旱使鼠洞内温度相对升高，又促进了鼠疫杆菌在跳蚤体内的繁殖。
这时的老鼠对人就相当危险了。可是恰恰这时，人们——受了旱灾的饥民们，偏偏要到处找老鼠。他们需要刨鼠洞里的粮食充饥。可以想见，这时人们带回家的，不仅仅是老鼠们存下的粮食，更有老鼠们身上的跳蚤、和跳蚤们所带的鼠疫病菌。
查一查明朝末年的历史记录，关于灾荒特别是旱灾的记录触目惊心：万历十年、十五年、四十五年，都曾发生瘟疫，也都是大旱之年，崇祯十四年之后，是连续四年的大旱，瘟疫也一直延续到明朝的灭亡之后。旱灾发生后，灾民们会四散逃荒，使得瘟疫也随之四处扩散，而像北京这样的都城，一旦感染瘟疫，又会随着它向外辐射的条条官道，把病菌传到帝国的四面八方。这还是在不打仗的情况下。一旦旱灾、瘟疫和战争同时出现的时候——这正是明朝末年的情形——这个社会就开始崩溃了。
如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明王朝面临着强大的外敌入侵。为了应付辽东防务的沉重负担，于是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变。战争，又导致灾荒和疫病的后果成倍扩大，无法收拾。
1644年，一年中中国出现了三个皇帝，北京人有四分之一被鼠疫夺去生命。而据曹树基估计，明末的崇祯年间，死于鼠疫流行核心区即山西、直隶、河南三省北部的疫死人口，要占到这三个省总人口的三分之一。
灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。
1644年，农历三月15日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。3月16日，大顺军到昌平。昌平的巡抚何谦逃走，总兵李守荣自缢。大顺军乘势焚毁了明十三陵的享殿。17日，他们已经到达了阜成门外，将北京城包围。
这时的李自成，令一位投降了自己的明朝太监杜勋入城，要与崇祯皇帝朱由检谈判。在17日的夜里，杜勋向北京城头用箭射了一封信，说明他要见皇帝，太监王承恩将他用绳子系了上来。杜勋告诉崇祯帝，李自成开出的条件是：割西北疆土给他，他另立为王，此后他将不奉诏，不入觐。另外，再给银两100万两犒军，他就可以暂退河南。
接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由检仓皇出逃，在故宫后的景山吊死在一棵老槐树上。
历史在此留下了疑团：以李自成的实力，打败眼前的明朝军队已经根本不是问题，又何必开出“西北王”的谈判条件？如果朱由检真的答应了他的条件，他还真退兵不成？
就在李自成进军北京的路上，二月里，他曾在宁武关与明朝军队有过一场激战。那一仗，明朝守军不过几千人，李自成的人马有几十万，但明军守将周遇吉拼死抵抗，大顺军还曾经中了明军的计，一下子折损几千人。最后李自成用人海战术，前仆后继以数万人的代价，才拿下宁武。
惨胜之后，李自成心有余悸，前面的关隘还有很多，都这样打还受得了？不如先班师回西安吧。不料就在他们想退之时，忽然又收到明朝大同和宣府的总兵的降表，于是又改变计划，决定继续向北京进发。
所以，或许也可以这样推论，连李自成自己都没想到，北京城拿下得如此轻易。他在宁武关遇到的只是一员总兵官的部队，那么防守京城的，岂不是明朝最精锐的御林军？
“老鼠‘消灭’了明朝”
然而，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。后人在讲到明末清初改朝换代的这段历史时，往往都注重讲政治大势，军事攻防，历史学家们很少有人关注到这场发生在崇祯十六年（1643年）北京城的惨烈大疫。
1997年，上海交通大学历史系的曹树基教授在他的论文《鼠疫流行与华北社会的变迁》中，提出了明末华北地区流行的大疫实际就是鼠疫，在2006年他与李玉尚合写的《鼠疫：战争与和平》一书中，又对此观点进行完善补充，明确提出：“老鼠‘消灭’了明朝”。
曹树基的史料根据，大部分来自华北一带清朝末年的地方志。根据他的勾勒，这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫？曹树基查到的地方志记载和明人当时的笔记，人们称这场大疫为“疙瘩瘟”、“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。” 有一个叫吴彦升的官员，刚准备去温州赴任，他的一个仆人死了。他命另一仆人去棺材店买棺材，久久不见回来，竟然死在棺材店里。有一对新婚夫妇，婚礼之后，夫妇坐于帐中很久没有出来，打开帐子一看，夫妇两人死于床的两头。只有鼠疫才能有如此烈性威力。这场鼠疫，发生在北京城破前一年的二月到九月。
台湾的著名明史专家邱仲麟，于2004年在《明代北京的瘟疫及帝国医疗体系的应变》一文中，对北京的这场大鼠疫有更详细的描述。到崇祯十六年四月时，北京每天死人上万，以至于城门都被运出的棺材堵塞。沿街的小户居民，十之五六死去，死在门口的最多，街头连玩耍的孩子都没有了。有一个统计数字，这場大疫夺走20万北京人的性命，而北京城当时的人口，估计在80万到100万，也就是说，每四到五个北京人中，就死掉一人。“堪称是一场超级大瘟疫”，邱仲麟写道。当时的北京城里盛传种种白衣人勾魂的流言，一到晚上，民间整夜敲击铜铁器驱鬼，“声达九重”，官方也没法制止——这是怎样的一座鬼气森森的城市！
这时候，政府还能做点什么？当时的皇帝似乎已经顾不上这事。虽然在崇祯十六年二月疫情就爆发了，直到七月，驸马巩永革上疏说，请皇帝“轸念孓遗，亟赐拯救”，这时朱由检才下了一道谕旨，拨银两万两，令五城巡城御史收埋死尸，再拨一千两银子给太医院，医治病民。然而病人、死人太多，这点银子杯水车薪，根本不够用。
即使贵为宫廷官宦，也不能幸免鼠疫的肆虐。当时有位叫张真人的法师来北京，刚出宫不久就被皇帝叫了回去，命他施咒诵经来驱逐病魔，但死亡的人仍不见少。开始宫中每死一人，还能得到四千钱的抚恤，后来，连这个钱也没了。
可以想象，这时驻在北京的明朝军队怎能幸免于瘟疫。邱仲麟写道，当时在北京的明朝军队，名义上说有十来万，大疫过后，少了一半。他引的一位明朝遗民张怡的说法，当时李自成的队伍杀过来时，能上京城城墙上防守的军人，连一万人都凑不齐。不过，明朝的军队向来腐败，驻京城部队吃空额的现象由来已久，也就是说，原来到了军队发饷的时候，还可以叫许多百姓来顶替领饷，比如，叫来许多小商贩或衙门班役来充场面，但现在百姓死得人太多，连顶替点名的人手也找不齐了！
不但是士兵、小贩、雇工大批倒毙，北京城连叫花子都找不到了。当时的守城将官低声下气求人来守城，“逾五六日尚未集”，朱由检下令让太监三四千人上了城墙。到了李自成兵临城下时，北京内城上五个城垛才有一个士兵，而且都是老弱病残，“鸠形鹄面，充数而已”，三月十七日李自成已经到了西直门时，京城还没什么像样的防御，而士兵们每天只有百余文钱去买粥充饥，怎能抵挡李自成的精锐之师？ 有史料说，当时的明朝军队打仗时，士兵躺在地上不肯动，军官“鞭一人则一人起”，可是这个起了那个又趴下，说他们是军心涣散也罢，全无斗志也罢，或许，这都是一群半死的病人。
邱仲麟在这里也同意曹树基的看法：崇祯十六年的大鼠疫，间接造成了北京的沦陷与明朝的灭亡。
战争与病菌
但是，这里仍有疑问。首先就是，李自成的队伍攻进一个大疫之城，他们自己难道不会被传染？下一个问题就是，那么清军呢？李自成仅仅在北京呆了42天，接着是另一拨改朝换代，清朝人进来在北京建都，他们不会感染上大疫？
曹树基对此的解释是，李自成进城的时刻恰逢其时。正好到这个时候，北京的腺鼠疫已经基本平息，而肺鼠疫，因为天气转暖，还没能流行开来。
这里要解释一下腺鼠疫与肺鼠疫。一般人们都知道，鼠疫是一种由老鼠传染的烈性传染病。具体说，是由老鼠身上所带的跳蚤，将鼠疫杆菌传染给了人。这是腺鼠疫。腺鼠疫的显著特征，就是淋巴结肿大溃烂。而肺鼠疫，常常是由腺鼠疫转化而来，表现为剧烈胸痛、咳嗽、吐血。肺鼠疫的厉害，在于它是人与人之间的传染，已经不需要老鼠作为中介，类似SARS。但是肺鼠疫的流行一般都是在冬天，需要在气温低的条件下。
“每一种疾病，有每一种疾病的机理。腺鼠疫的流行，到了老鼠和人都死到一定程度时，它就会平息下来。这个时候李自成来了。如果李自成早几个月进来，他们也会被鼠疫消灭掉，不过，到最终清军还会进来，这个大趋势不会变。历史的演变真是非常有意思。”曹树基说。
在这个1644年的春天，李自成进北京又退出北京的前后，从曹树基研究的史料上看，在天津及南方，继续流行鼠疫。疫区一直伸延到了苏州、杭州。从症状的描述来看，既有腺鼠疫，又有肺鼠疫。
今天，人们可以在网上看到关于鼠疫与明末清初历史变局的各种假说。有人说，李自成的部队后来与吴三桂及清军的决战之所以大败，就是因为在北京已经感染了鼠疫，丧失了战斗力。到后来，李自成屡战屡败一溃千里，就是这个原因。而清军，占领北京后又迟迟不南下，听凭南明建立流亡政府抵抗，也是这个原因。
对此，曹树基并不敢认同。“李自成进北京后，应该鼠疫对战争是没有直接的影响了，后来发生的那些都属于政治史了。至少从史料上来说，没有李自成及其部将士兵染病的记载。”
“这一点确实比较诡异。从历史记载上看，李自成的部队经过的地方，都变成了疫区，发生了大疫，但是确实没有李自成部队本身受感染的记录。”
关于战争与疾病的因果关系，曹树基的合作者李玉尚曾写过一篇论文，讲述太平天国战争时，霍乱的流行怎样对这场战争发生影响。
在同治元年七月，太平天国战争已经到了决战时刻。清军一方，曾国藩的部队本来已经形势大好，满以为可以一举拿下南京。不想，一场凶猛霍乱使得“士卒十丧四五”，死去的人数以万计，有时军中病人连侍候服药的人都没有了。
“这个时候，正是太平天国一方大举反攻的好时候。可是，霍乱同样也袭击了他们的军营，使得他们也无力进攻。这样，战争进入了僵持。本来预计马上会结束的战争，又拖延了三年。”李玉尚说。
这是最典型的疾病直接影响战争的事例。而李玉尚的论文和结论，最有说服力的证据，来自曾国藩的书信。
在以往，人们只关注明末清初的政治斗争和军事战争，在正史中，关于这段历史时期的疫病记载不但少而且相当模糊。曹树基说，他做这段研究时，看了大量地方志，而邱仲麟的研究，大量历史资料是来自明人的笔记。
如果我们仔细去对应战争的轨迹与疾病的轨迹，仍会发现许多对不上的地方。或许，疾病流行本身的规律我们还没有悟透;或许，是因为当时的记录者也好，后世的阅读者也好，目光早已被那改朝换代的大事变所遮蔽，已经无暇关注到在翻天覆地的狂飙之中，那藏在人间角落里的小小老鼠。
人与鼠：战争与和平
但是事情还没有完。鼠疫最初是怎么发生的？为什么明末的几场大鼠疫，都是从山西开始的？曹树基开始注意到，自明清以来，山西长城口外地区的自然环境发生了巨大的变化，也就是说，从这时候开始，有大量的汉人迁入，大片原来的牧场被开垦成农田，这里的生态环境变了。
历史记载，大批汉人进入塞外是在明嘉靖年间（1533-1534），大同边卫发生变乱，许多汉人逃往口外投奔蒙古俺答。他们还大肆招徕汉族逃民在那里耕田。也有记载说蒙古俺答也从内地掳掠汉人过去，从事农活。
本來在草原上生活着大量的老鼠。它们中也会有携带鼠疫杆菌的病鼠，“但是只要带菌老鼠的种群小到不足以传染流行，就没关系。在草原上一般就是这个情况。”曹树基说。但是，如果大量的人过去，改变了这种关系，情况就不同了。这时，人与鼠接触的机会就大大增加，特别是在发生旱灾的情况下。
据鼠类专家的研究，一旦发生旱灾，老鼠会到处去找食物，其中不少就窜到了人类的集中居住地。而因为它们吃不饱，会导致体质变弱，这时它们身上带的跳蚤会格外多，干旱使鼠洞内温度相对升高，又促进了鼠疫杆菌在跳蚤体内的繁殖。
这时的老鼠对人就相当危险了。可是恰恰这时，人们——受了旱灾的饥民们，偏偏要到处找老鼠。他们需要刨鼠洞里的粮食充饥。可以想见，这时人们带回家的，不仅仅是老鼠们存下的粮食，更有老鼠们身上的跳蚤、和跳蚤们所带的鼠疫病菌。
查一查明朝末年的历史记录，关于灾荒特别是旱灾的记录触目惊心：万历十年、十五年、四十五年，都曾发生瘟疫，也都是大旱之年，崇祯十四年之后，是连续四年的大旱，瘟疫也一直延续到明朝的灭亡之后。旱灾发生后，灾民们会四散逃荒，使得瘟疫也随之四处扩散，而像北京这样的都城，一旦感染瘟疫，又会随着它向外辐射的条条官道，把病菌传到帝国的四面八方。这还是在不打仗的情况下。一旦旱灾、瘟疫和战争同时出现的时候——这正是明朝末年的情形——这个社会就开始崩溃了。
如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明王朝面临着强大的外敌入侵。为了应付辽东防务的沉重负担，于是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变。战争，又导致灾荒和疫病的后果成倍扩大，无法收拾。
1644年，一年中中国出现了三个皇帝，北京人有四分之一被鼠疫夺去生命。而据曹树基估计，明末的崇祯年间，死于鼠疫流行核心区即山西、直隶、河南三省北部的疫死人口，要占到这三个省总人口的三分之一。
灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。